Estaba configurando el script de PHPDoc y me he encontrado con la limitación de que no permite indicar ficheros con wildcards. Es decir, o le dices que escanee un directorio, y lo hará por completo (subdirectorios incluidos), o bien le indicas qué ficheros quieres que parsee, separados por comas (pero sin espacios).
Lo de sin espacios es importante, ya que ls -m no genera una salida válida para PHPDoc.
Así que tenemos que tirar de un poco de shell. La solución implementada, además, permite el manejo de directorios de cualquier número de ficheros (gracias al comando find):
find $DIR -maxdepth 1 -name "*.php" -exec echo -n "{}," \; | sed -e 's/,$//g'
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